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À plusieurs reprises, au cours du XXe siècle, à cause d’un manque de place, la Société académique a effectué des dépôts aux Archives départementales de l’Aube sous la cote 2 J.
Il s’agissait de dossiers historiques de la Société mais aussi de dossiers non imprimés dans les Mémoires ou procès-verbaux de séances comme des communications, des nomenclatures communales ou cantonales mais aussi d’archives léguées par quelques membres. Ces archives comprennent des dossiers écrits mais aussi des cartes, des plans, des dessins, des photographies. Bien que ne concernant pas tous l’Aube, ces documents sont d’une grande richesse documentaire.

Les images ont été scannées par les Archives départementales en 2022 et sont maintenant d’un accès plus facile pour les chercheurs. De très nombreuses photographies permettent de suivre notamment l’évolution de la Ville de Troyes au XIXe siècle avec la destruction de ses portes fortifiées et remparts. On peut voir aussi la restauration de plusieurs maisons à pans de bois dans la vieille ville.